Đa dạng di truyền giống Lạc tiên (Passiflora foetida L.) ở Đồng bằng sông Cửu Long dựa vào hình thái, nông học và dấu SNP
Thiều Văn Đường, Lê Thuý Nhi, Đỗ Văn Mãi
Tóm tắt
Nghiên cứu nhằm đánh giá các đặc tính nông học của chín mẫu giống Lạc tiên dựa trên kết quả khảo sát hình thái, kết hợp phương pháp sinh học phân tử nhằm xác định được mối quan hệ di truyền qua việc xây dựng cây phả hệ (Phylogenetic tree) dựa vào trình tự vùng gen “rbcL”. Kết quả đánh giá về sự đa dạng di truyền của chín giống Lạc tiên quả vàng qua các đặc điểm nông học cho thấy có sự khác biệt nhau, ngoại trừ chiều rộng lá và đường kính hoa. Dựa vào giản đồ phả hệ có thể xếp chín giống Lạc tiên vào 3 nhóm: Nhóm I gồm các mẫu giống An Giang (LA1), Cà Mau (LA2) và Cần Thơ (LA3) gần nhau về mặt di truyền và có chỉ số giống nhau; Nhóm II bao gồm 2 mẫu giống Vĩnh Long (LA8) và Đồng Tháp (LA6); Nhóm III bao gồm 4 mẫu giống ở Kiên Giang (LA7), Hậu Giang (LA4), Sóc Trăng (LA5) và Tiền Giang (LA9). Với kỹ thuật sinh học phân tử, kết quả xác định được chín giống Lạc tiên trong nghiên cứu đều thuộc loài Passiflora foetida có hệ số tương đồng cao, trên 98% và độ bao phủ 100%, mặc dù vị trí địa lý các mẫu thu được khác nhau. Vì vậy, cần khảo sát thêm một số trình tự gen chuyên biệt khác liên quan đến đặc điểm hình thái cũng như hàm lượng các chất có trong lá và quả nhằm có kết luận chính xác hơn về loài này.
Từ khóa: Cây phả hệ, dấu SNP, hình thái, nông học
Abstract
This study aimed to evaluate the agronomic traits of nine passion flower varieties with samples based on morphological survey results: on stem height, root length, leaves, flowers and fruits. The genetic relationship among such individuals was elucidated by a phylogenetic tree based on the plastid gene rbcL. On the basis of agronomic characteristics, the data revealed that nine varieties of Lac Tien yellow fruit through agronomic characteristics show differences, except for leaf width and flower diameter. Based on the pedigree chart, nine varieties of passion fruit can be classified into 3 groups: group I includes samples of An Giang (LA1), Ca Mau (LA2) and Can Tho (LA3) that are genetically close to each other and are highly similar; group II includes 2 varieties of Vinh Long (LA8) and Dong Thap (LA6); Group III includes 4 varieties in Kien Giang (LA7), Hau Giang (LA4), Soc Trang (LA5) and Tien Giang (LA9). In terms of molecular biology analysis, nine varieties of Lac Tien in the study were identified, all belonging to the species Passiflora foetida with a high similarity coefficient, over 98% and 100% coverage despite of the variation of the geographical location. Therefore, it is necessary to investigate some other specific gene sequences related to morphological and biochemical characteristics such as the content of bioactive substances in leaves and fruits in order to have more accurate conclusions about this species.
Keywords: Agronomy, morphology, phylogenetic tree, SNP marker